Οι περισσότερες από τις δημοσιευμένες σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά εργασίες για τη λίμνη Καστοριάς, οι οποίες έχουν τύχει σημαντικής αναγνώρισης από τη διεθνή επιστημονική κοινότητα, έχουν εκπονηθεί στο Α.Π.Θ. τις τελευταίες δεκαετίες.

Τα αποτελέσματα των ερευνών του Α.Π.Θ. για τη λίμνη της Καστοριάς αποτελούν θεμελιώδη και απαραίτητη γνώση τόσο για το σχεδιασμό όσο και για την εφαρμογή σχεδίων διαχείρισης της λίμνης σε επίπεδο λεκάνης απορροής.

Εφαρμογή του παραπάνω επιχειρησιακού σχεδίου αποτελεί έκφραση απαξίωσης της επιστημονικής γνώσης διότι το σχέδιο αυτό δε στηρίζεται σε επιστημονική μεθοδολογία, δεν αναγνωρίζει και δεν απαντά στο κύριο πρόβλημα της λίμνης.

Το πρόβλημα της λίμνης σήμερα είναι η οπισθοδρόμηση της βελτίωσης της οικολογικής κατάστασης της λίμνης που είχε επιτευχθεί τη δεκαετία 1997-2007 μετά από τη διακοπή της εισόδου του κύριου όγκου των αστικών λυμάτων της πόλης της Καστοριάς στη λίμνη.

Τα φαινόμενα μαζικής αύξησης κυανοβακτηρίων στη λίμνη το 2010, παρόμοια με αυτά του 1994, είναι χαρακτηριστικά της διαταραχής της οικολογικής ισορροπίας της λίμνης που εγκυμονεί κινδύνους τόσο για το ίδιο το οικοσύστημα όσο και για τη δημόσια υγεία.

Το Α.Π.Θ. διαθέτει την απαραίτητη τεχνογνωσία και το κατάλληλο ερευνητικό και επιστημονικό προσωπικό για να συμβάλλει στην αποκατάσταση της οικολογικής ισορροπίας της λίμνης. Ο ρόλος του Πανεπιστημίου επιβάλλει τη μεταφορά τεχνογνωσίας, τη σύνδεση της έρευνας με την κοινωνία, τους κοινωνικούς εταίρους και την πολιτεία διασφαλίζοντας την αμφίδρομη σχέση Πανεπιστημίου και κοινωνίας.