Η ιστορική διαδρομή που διήνυσε το εν λόγω κτίριο:

Όσο η έδρα της Επισκοπής ήταν στα Σέρβια, το Επισκοπείο βρισκόταν στον αύλειο χώρο της Αγ. Κυριακής Σερβίων. Το Μάρτιο του 1757 το κτίριο αυτό με ότι υπήρχε μέσα, όπως το αρχείο και όλα τα έγγραφα σχετικά και με την ιστορία της Επισκοπής, καθώς και ο ναός της Αγ. Κυριακής αποτεφρώθηκαν.

Όπως μαρτυρείται από τον Κώδικα του Μητροπολιτικού Ναού του Αγίου Νικολάου Κοζάνης το Επισκοπείο Κοζάνης («...ὁ δεσποτικός οίκος του επισκοπείου ...») κτίστηκε το 1744 και ένα χρόνο μετά η έδρα της Επισκοπής μεταφέρθηκε στην Κοζάνη. Ο Επίσκοπος Μελέτιος φρόντισε και με δικά του χρήματα (550 γρόσια) αγόρασε έκταση από τον ιερέα Γεώργιο Στεφανή και σύντομα έκτισε το Επισκοπείο. Για την οικοδόμηση του διέθεσε ο ίδιος τις οικονομίες του, βοήθησαν όμως οι ιερείς της πόλης, όπως και οι Χριστιανοί, με όποιον τρόπο μπορούσε ο καθένας.

Το Επισκοπείο κτίστηκε σύμφωνα με τα τυπολογικά, μορφολογικά και κατασκευαστικά πρότυπα της αρχιτεκτονικής των αρχοντικών της Κοζάνης κατά την περίοδο αυτή. Ο Επίσκοπος Βενιαμίν (1815-1850) αγόρασε νέα έκταση ενάμισι στρέμματος από τους απογόνους του πρώτου πωλητή και πρόσθεσε νέα κτίσματα, όπως η κρήνη, πύργο, σταύλο κ.λ.π, πραγματοποιώντας διαρρυθμίσεις και αλλαγές, που αποσκοπούσαν στην καλύτερη λειτουργία και τον καλλωπισμό του επισκοπείου. Η όψη του κτιρίου, πριν την σημερινή αποκατάσταση, οφείλεται στις επεμβάσεις αυτές. Ως τότε ολόκληρη η επάνω σάλα ήταν ανοιχτό ανώγειο. Επισκευές, διαρρυθμίσεις και βελτιώσεις του κτιρίου, ανάλογα με τις εκάστοτε ανάγκες, έγιναν απ όλους σχεδόν τους επόμενους αρχιερείς.

Τον Ιούλιο του 1904 φιλοξενήθηκε στο κτίριο ο Παύλος Μελάς, κατά την 2η περιοδεία του στη Μακεδονία, και συνεδρίασε με τους προκρίτους της πόλης για τη στρατολόγηση εθελοντών και την μεταφορά όπλων.
Στις 11 Οκτωβρίου του 1912 ο Ελληνικός στρατός μπήκε ελευθερωτής στην Κοζάνη και ο Μητροπολίτης Φώτιος είχε την ευτυχία να υποδεχθεί και να πανηγυρίσει με το λαό το πολυπόθητο γεγονός. Ο Μητροπολίτης καλωσόρισε και δεξιώθηκε το διάδοχο του Βασιλέως Κωνσταντίνο και Αρχιστράτηγο των μαχόμενων ελληνικών στρατευμάτων, ο οποίος κατέλυσε με επιτελείο του στρατού στο Επισκοπείο.
Σημαντικές αλλαγές στο κτίριο πραγματοποίησε επίσης ο Μητροπολίτης Φώτιος (1916-1923). Ανακατασκεύασε την ανατολική εξωτερική τοιχοποιία του ορόφου και την στέγη και αναδιέταξε τα ανοίγματα των αρχιτεκτονικών επισκευών της νότιας όψης.
Κατά την περίοδο αυτή (το 1919) το κτίριο καταλήφθηκε από τον Δήμαρχο Κοζάνης και εγκατέστησε σ' αυτό υπηρεσίες του Δήμου. Αμέσως μετά εγκαταστάθηκαν οι πρόσφυγες και λίγο αργότερα μετατράπηκε σε Νοσοκομείο και χώρο υποδοχής ασθενών. Για τους λόγους αυτούς και τις ανάγκες που προέκυψαν πραγματοποιήθηκαν πολλές εσωτερικές διαρρυθμίσεις και μετατροπές. Από την έντονη χρήση το κτίριο παρουσίασε σοβαρές φθορές και αλλοιώσεις και το 1925 ζητήθηκε οικονομική βοήθεια για την αποκατάσταση των ζημιών.

Κατά την διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής (1941-1944) το κτίριο της Μητροπόλεως κατάλήφθηκε από την γερμανική στρατιωτική μονάδα και μετά την προσχώρηση του Μητροπολίτη Ιωακείμ στο ΕΑΜ λεηλατήθηκε από τους Γερμανούς.
Μετά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο και επι Μητροπολίτου Κωνσταντίνου Πλατή (1945-1957) πραγματοποιούνται στο κτίριο ριζικές αλλαγές. Επισκευάστηκε η στέγη με νέα επικεράμωση, επισκευάστηκαν τα δάπεδα του ισογείου και του ορόφου, ανοίχτηκαν τα παράθυρα και η είσοδος στην ανατολική πλευρά και προστέθηκε ισόγειο πρόσκτισμα στη δυτική πλευρά. Τέλος διαμορφώθηκε και το εσωτερικό παρεκκλήσι της Αγίας Αικατερίνης. Οι επεμβάσεις αυτής της περιόδου αλλοίωσαν ριζικά τη φυσιογνωμία του κτίριο, με αποτέλεσμα τα τελευταία χρόνια να προσομοιάζει μορφολογικά μάλλον με το κτίριο του 1950.
Επί Μητροπολίτου Διονυσίου Ψαριανού (1957-1997) επισκευάστηκαν κάποια δάπεδα των χώρων των γραφείων, του ισογείου και του ορόφου και υποστηρίχθηκε η ΝΑ γωνία της προεξοχής με κολώνα οπλισμένου σκυροδέματος, όπου τοποθετήθηκε και η βιβλιοθήκη του Μητροπολίτου.

Ο προηγούμενος Μητροπολίτης Αμβρόσιος Γιακαλής (1998-2004) είχε αποφασίσει να λειτουργήσει το διατηρητέο επισκοπείο ως Μουσείο Εκκλησιαστικής Τέχνης και να μετεγκατασταθούν οι λειτουργίες της μητροπόλεως στο νέο κτίριο που ανέγειρε δίπλα σε αυτό. Μετά την παραίτηση του όμως και την ενθρόνιση του νέου Μητροπολίτου Σερβίων και Κοζάνης κ.κ. Παύλου (Ιούνιος 2004) το πρόγραμμα των αρχιτεκτονικών παρεμβάσεων στο επισκοπείο άλλαξε.
Επιθυμία του νέου Μητροπολίτου ήταν το διατηρητέο κτίριο να παραμείνει ενεργό, ακολουθώντας μια παράδοση τριών περίπου αιώνων. Ομάδα ειδικών μελετητών της Αρχιτεκτονικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης με επιστημονικό υπεύθυνο τον καθηγητή Παναγιώτη Τζώνο ανέλαβε και εκπόνησε την αρχιτεκτονική μελέτη για την αποκατάσταση του Επισκοπείου, η οποία εγκρίθηκε και από το Υπουργείο Πολιτισμού.
Στο νέο κτιριολογικό πρόγραμμα καταβλήθηκε ιδιαίτερη προσπάθεια, ώστε οι ανάγκες των λειτουργιών της μητροπόλεως να εντάσσονται αρμονικά στην τυπολογική διαμόρφωση του αρχοντικού και να αναδεικνύονται τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά του ιστορικού κτιρίου. Τα χαρακτηριστικά αυτά ήταν δυσδιάκριτα, μετά τις αλλεπάλληλες προσθήκες και επεμβάσεις στο αρχικό κτίριο. Με εκτεταμένες καθαιρέσεις αποκαλύφθηκαν και συντηρήθηκαν.
Σήμερα οι εργασίες αποκατάστασης του Μητροπολιτικού Οίκου ολοκληρώθηκαν, καθώς και οι εργασίες διαμόρφωσης του αύλειου χώρου.